Є декілька кримінальних проваджень щодо робіт з «будівництва 1-ї черги контейнерного терміналу на Карантинному молі за рахунок штучно створеної території».
Саме перше провадження розпочали ще за президентства Віктора Януковича у тодішній податковій міліції та Генпрокуратури. Мова йде про №32013110110000570 від 20 грудня 2013 року за ч.2 ст.212 КК. Мова йшла про вчинення ДП «Одеський порт» та двох компаній дій, направлених у період 2012-2013 років на заниження податку на прибуток у сумі 638 тис. гривень та податок на додану вартість у сумі 1,12 млн гривень, щоб ухилитися від їх сплати.
У серпні 2014 року стосовно хвилелому розпочав справу Приморський відділ поліції №42014160490000030 за ч.2 ст.367 КК. Мова йшла про завищення робіт на 527 тис. гривень при проведенні робіт з будівництва хвилелому на 23,85 млн гривень.
Головну справу стало провадження № 22014160000000139, яке Генпрокуратура розпочала 21 липня 2014 року за ч. 5 ст. 191, ч. 2 ст. 364, ч.ч. 3, 4 ст. 358 КК. Мова йшла про реконструкція причалу №7 Одеського порту на 864,3 млн гривень. Підряд отримало ТОВ «Ремонтно-будівельний трест «ЧМП» з пропозицією в 945 млн гривень (з ПДВ). За даними слідства директор компанії за вказівкою начальника служби наземної інфраструктури АМПУ вніс недостовірні дані, щодо обсягів виконаних робіт та вартості товарно-матеріальних цінностей.
Головну справу розпочало у липні 2014 Генпрокуратура №22014160000000139 за ч. 5 ст. 191, ч. 2 ст. 364 КК. Вказувалося, що посадовці АМПУ та Одеського порту разом з підрядниками привласники кошти під час реалізації проекту «Будівництва Контейнерного терміналу на Карантинному молу», шляхом завищення об`ємів закупівлі необхідних для виконання договір товарів та послуг.
Під час реалізації проектних рішень за рахунок штучно створеної території» 26 квітня 2014 року відбулось різке зростання деформацій масивів-гігантів у середній зоні по вісі хвилелому. Масиви-гіганти за № 6 — 9 (відлік від південного напрямку) зазнали осаду та опинилися нижче рівня водної поверхні, масиви-гіганти № 5, 10 вийшли з проектного висотного положення, зазнали подовжнього і поперечного крену. Одеська філія АМПУ вирішила, що причиною досліджуваної позаштатної ситуації під час будівництва хвилелому стали суттєві розрахунково-проектні недоліки. Адміністрація звернулася до підрядника з позовом щодо відшкодування збитків на 145,76 млн гривень, який задовільнила перша інстанція.
Ще одну справу відкрило головне слідче управління СБУ 14 травня 2016 року №22016000000000179 ч. 3 ст. 258-5, ч. 5 ст. 191 КК.
Слідство встановило, що протягом 2012-2015 років невстановлені службові особи Міністерства інфраструктури, АМПУ, ДП «Одеський морський торгівельний порт», зловживаючи своїм службовим становищем, діючи за попередньою змовою з власниками та службовими особами ТОВ «Підприємство «Маст Буд» та ТОВ «Мебіус Констракшн Юкрейн» заволоділи чужим майном — державними грошовими коштами, призначеними для виконання робіт по проекту «Будівництво 1-ї черги (гідротехнічні споруди) контейнерного терміналу Карантинного молу ДП «ОМТП» за рахунок штучно створеної території» у сумі понад 25 млн гривень, які в подальшому з використанням суб`єктів підприємницької діяльності, що мають ознаки фіктивності, перевели із безготівкової форми у готівкову чим вчинили їх легалізацію (відмивання) в особливо великому розмірі.
Крім того, досудовим розслідуванням встановлено, що невстановлені особи з числа громадян рф за завданням невстановлених осіб з числа керівництва органів державної влади рф, з метою отримання надприбутків, забезпечують участь російських днопоглиблювальних суден у проведенні днопоглиблювальних робіт у морських портах України та направлення частини отриманих коштів на фінансування діяльності терористичної організації «ДНР» та «ЛНР».
Зокрема, для фінансування терористичної діяльності вказані невстановлені особи використовують діяльність іноземних компаній «Екогідротехніка» (США), Jollanta Group Ltd. (Belize), Krayteks Group Holding Limited» (Cyprus), Rossolast Corporation Ltd (Cyprus), «Kleona Trade LLP» (United Kingdom), «Філікет», та їх
